A nagyobb, amerikai krokodilok átúsznak Floridából és megtermékenyítik a nőstényeket, így elveszik a vérvonal.
HIRDETÉSA környezetvédők igyekezete ellenére kihalás fenyegeti a kubai krokodilt.
A jellegzetesen rövid testű, hosszú lábú és széles állkapcsú faj utolsó egyedeire nem a klímaváltozás vagy az emberi tevékenység jelent veszélyt, hanem az amerikai krokodilok, akik előszeretettel termékenyítik meg a nőstényeket. A keveredésből pedig már nem jellegzetesen kubai egyedek születnek. Ezért kerítésekkel próbálják meg elszeparálni a fajokat.
Utolsó menedékében, a Zapata-mocsárban már csak 4500 kubai krokodil él félig szabadon. A vadőrök a tojásrakás után megpróbálják kilopni a tojásokat a nőstény alól, hogy védett körülmények közt kelhessenek ki az utódok. Évente legalább 500 kis hüllő születik, de közülük csaj 100-at tudnak visszaengedni a vadonba.